Εδώ όπου αναπτύχθηκε ο πρώτος ευρωπαϊκός πολιτισμός

Η ιστορία συνδέει το Ηράκλειο με την αρχαιότητα και την Ευρώπη. Στην Κρήτη, σύμφωνα με την ελληνική μυθολογία, ο Δίας, ο πατέρας των θεών, έφερε την όμορφη νεαρή παρθένα Ευρώπη με την οποία ήταν ερωτευμένος.

Η ρομαντική τους συνεύρεση έφερε στον κόσμο  το γιο τους, το Μίνωα. Κατά τη διάρκεια των Μινωικών χρόνων το Ηράκλειο ήταν πιθανότατα το λιμάνι της Κνωσού, το λίκνο του Μινωικού πολιτισμού (2000-1450 π.Χ.). Αναφορές στο Ηράκλειο έχουν γίνει από αρχαίους ιστορικούς, όπως ο Στράβων, ο οποίος στα κείμενά του τον 1ο μ.Χ. αιώνα αναφέρεται στο λιμάνι της Κνωσού ως το Ηράκλειον, προφανώς ονομασμένο έτσι προς τιμήν του Ηρακλή, ο οποίος ήρθε στην Κρήτη να σκοτώσει τον άγριο ταύρο και να ολοκληρώσει τον έβδομο από του δώδεκα άθλους του.

Το Ηράκλειο κατοικήθηκε πρώτη φορά στους μινωικούς χρόνους. Πολύ νωρίτερα 8.000 – 6.100 π.Χ., υπάρχουν πλήθος απολεπισμάτων οψιανού και ενδείξεις για καλύβες της μεσολιθικής περιόδου, που έχουν βρεθεί στις περιοχές Τρυπητή και Ρουσσές Ηρακλείου. Η Νεολιθική εποχή, 6100 – 2800 π.Χ., έχει αφήσει τα σημάδια της κυρίως στην Κνωσό, αλλά και στη Φαιστό, στη Γόρτυνα και στον Κατσαμπά. Την 3η χιλιετία ανθίζει ο μινωικός πολιτισμός, ενώ τη 2η χιλιετία τα μεγαλύτερα κέντρα του μινωικού πολιτισμού είναι η Κνωσός, η Φαιστός, οι Αρχάνες, τα Μάλια, η Τύλισος κ.ά. Το Ηράκλειο βρίσκεται κοντά στο παλάτι της Κνωσού που την περίοδο του μινωικού πολιτισμού είχε τη μεγαλύτερη συγκέντρωση πληθυσμού στην Κρήτη.  Το 66 π.Χ., οι Ρωμαίοι καταστρέφουν την Κνωσό και η Γόρτυνα γίνεται η πρωτεύουσα της επαρχίας Κρήτης και Κυρήνης. Κατά τον 9ο μ.Χ. αιώνα οι Άραβες κατέλαβαν την Κρήτη και ίδρυσαν στη θέση του Ηρακλείου μια νέα πόλη που ονόμασαν Rabdh al Khandak (Κάστρο του χάνδακος). Το όνομα Χάνδακας χρησιμοποιείται ακόμα από πολλούς κατοίκους της πόλης του Ηρακλείου. Οι Σαρακηνοί κατέστησαν την πόλη αυτή πρωτεύουσά τους και ορμητήριο των πειρατικών τους δραστηριοτήτων, πράγμα που εξόργισε τη Βυζαντινή Αυτοκρατορία. Φυσικό ήταν η Βυζαντινή (Ανατολική Ρωμαϊκή) πολιτική να επικεντρώσει το ενδιαφέρον της στην ανακατάληψη της Μεγαλονήσου. Μετά από κάποιες αποτυχημένες απόπειρες, τον 10ο  αιώνα οι Βυζαντινοί ανέκτησαν τον έλεγχο του νησιού και κατάφεραν να το ελέγξουν μέχρι την αρχή του 13ου αιώνα.

Κατά τη διάρκεια του 14ου αιώνα, η πόλη έπεσε στα χέρια των Βενετών. Η Ενετική περίοδος διήρκεσε τεσσερισήμισι αιώνες και ήταν η περίοδος μεγάλης προόδου για την πόλη σε ότι αφορά την ανάπτυξη σε τομείς, όπως το εμπόριο, η αρχιτεκτονική, η λογοτεχνία και η τέχνη γενικότερα. 

Το 1647 μ.Χ. ξεκίνησε η πολιορκία της πόλης από τους Οθωμανούς Τούρκους, η οποία κράτησε 22 χρόνια και κόστισε τη ζωή σε 30.000 Κρητικούς και 120.000 Τούρκους και  έληξε με την κατάκτηση της πόλης το 1669, από τον Κιοπρουλού Φαζίλ Αχμέτ. Κατά την περίοδο της τουρκοκρατίας η πόλη έγινε γνωστή και ως “Μεγάλο Κάστρο” ή “Κάστρο”. Στα χρόνια που ακολούθησαν κάθε πέτρα του νησιού βάφτηκε στο αίμα Κρητικών που τόλμησαν να μην σκύψουν το κεφάλι στον κατακτητή. 

Η πόλη ελευθερώθηκε το 1898 και μπήκε στην Κρητική Πολιτεία το 1908 που με τη σειρά της προσαρτήθηκε στην Ελλάδα το 1913. Κατά την απελευθέρωσή της η πόλη ονομάστηκε Ηράκλειο από τον Μινωικό οικισμό που υπήρχε στο σημείο, ήδη από τον 7ο π.Χ. αιώνα, σύμφωνα με τα "Γεωγραφικά" του Στράβωνα ("... έχει για επίνειο η Κνωσός το Ηράκλειο").

Το Ηράκλειο είναι η πρωτεύουσα και η μεγαλύτερη πόλη της Κρήτης, καθώς και το μεγαλύτερο λιμάνι του νησιού. Ενώνεται μέσω θάλασσας με τον Πειραιά, τη Θεσσαλονίκη, τα νησιά του Αιγαίου, την Κύπρο και την Αίγυπτο. Υπάρχουν επίσης συχνές πτήσεις που ενώνουν το Ηράκλειο με άλλες πόλεις της Ελλάδας (Αθήνα, Θεσσαλονίκη, Ρόδο), καθώς και απευθείας πτήσεις προς την Ευρωπαϊκή Κοινότητα και προορισμούς όπως οι Σκανδιναβικές χώρες για το μεγαλύτερο μέρος του έτους. Στο Ηράκλειο είναι η έδρα της Αποκεντρωμένης Διοίκησης Κρήτης, καθώς επίσης και η έδρα της Περιφέρειας Κρήτης. Το Ηράκλειο είναι επίσης, η έδρα της Εκκλησίας της Κρήτης και ο Αρχιεπίσκοπός του είναι ο Αρχιεπίσκοπος Κρήτης. Η Πόλη του Ηρακλείου για την αντίσταση και τον ηρωισμό της κατά τη Γερμανική εισβολή και τη Μάχη της Κρήτης (1941) τιμήθηκε με τον Πολεμικό Σταυρό Α΄. Τάξεως. Σύμφωνα με την απογραφή του 2011 ο Δήμος Ηρακλείου έχει πληθυσμό 173.993 κατοίκους. Ανάμεσα στα πιο σημαντικά αξιοθέατα της πόλης είναι, 

Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου,

Το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης,

Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας

Το Μουσείο Μάχης Κρήτης και Εθνικής Αντίστασης

Ο Αρχαιολογικός χώρος Κνωσού

Το Μουσείο Εικαστικών Τεχνών Ηρακλείου

Το Μουσείο Αγίας Αικατερίνης

Επίσης η Λότζια που στεγάζει το Δημαρχείο δίπλα από την πλατεία Λιονταριών,

Το ενετικό φρούριο Κούλες στο λιμάνι του Ηρακλείου,

Η εκκλησία του Αγίου Τίτου επί της 25ης Αυγούστου

Η Βασιλική του Αγίου Μάρκου,

Ο μητροπολιτικός ναός του Αγίου Μηνά,

Η πλατεία Λιονταριών με τη κρήνη Μοροζίνι

Τα ενετικά τείχη του Ηρακλείου

Η πλατεία Κορνάρου

Ο τάφος του Νίκου Καζαντζάκη στο προμαχώνα Μαρτινέγκο

Η πλατεία Ελευθερίας κ.ά.

Στο Ηράκλειο βρίσκονται οι Σχολές Θετικών Επιστημών και Επιστημών Υγείας του Πανεπιστημίου Κρήτης, εδρεύει το Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας (ΙΤΕ-FORTH) ένα από τα μεγαλύτερα ερευνητικά κέντρα της χώρας, καθώς και το Τεχνολογικό Εκπαιδευτικό Ίδρυμα Κρήτης.  Συνολικά, υπάρχουν 8 σχολές ΑΕΙ και 11 σχολές ΤΕΙ.

Το διεθνές αεροδρόμιο Ν. Καζαντζάκης συνδέει την πόλη με ολόκληρο τον κόσμο και υπάρχει προγραμματισμός για αντικατάσταση του με νέο διεθνές αεροδρόμιο στο Καστέλι Πεδιάδος.